A Base Aérea de Anápolis foi a primeira base aérea brasileira planejada e construída especialmente para receber um tipo específico de avião, os caças de fabricação francesa, Mirage IIIE designados na Força Aérea Brasileira como F-103. A operação desses aviões exigia a construção de um base inteiramente nova e plenamente capacitada a operar aviões supersônicos.

Por questões estratégicas, foi decidido que a nova base seria construída nas proximidades de Brasília, e os F-103 destinados primordialmente à defesa da capital do país. Assim, após vários estudos (incluíndo questões de tráfego aéreo e interferências de rádio) a escolha acabou recaindo sobre a cidade de Anápolis, situada aproximadamente 100Km de Brasília.

A construção das instalações começou em 9 de fevereiro de 1970 e a base tornou-se operacional em 23 de agosto de 1972, com a conclusão da pista de pouso. Um nova unidade aérea, especialmente criada para operar os F-103 (Mirage IIIE), foi então ativada: a 1ª Ala de Defesa Aérea, ou 1ª ALADA. Essa unidade foi desativada em 19 de abril de 1979 transferindo sua missão para o 1º Grupo de Defesa Aérea, 1º GDA, unidade responsável pela operação dos F-103 até os dias de hoje.

A partir do ano 2000, a Base Aérea de Anápolis passou a abrigar também o 2º/6º GAv - Esquadrão Guardião, que opera com os avançados R-99A de alerta antecipado e R-99B de sensoriamento remoto.